秘书处是河南省药学会的办事机构，内部设有办公室、学术部（继续教育部）、编辑出版部（科学普及部）、财务部、会员服务部。

一、主要职责

（一）开展药学科学技术的国内与国际交流，编辑出版相关药学学术研究资料，发展同国内各药学团体、药学工作者的友好交往与合作；

（二）开展举荐药学人才，表彰奖励在科学技术活动中取得优异成绩的会员和药学工作者；

（三）组织开展对会员和药学工作者的继续教育培训；

（四）开展药学以及相关学科科学技术知识的普及推广工作；

（五）反映会员和药学工作者的意见和要求，维护会员和药学工作者的合法权益，建立和完善药学科学研究诚信监督机制；

（六）组织会员和药学工作者参与国家有关的科学论证及科技咨询服务，组织开展团体标准制定等相关工作； 

（七）接受政府委托，承办与药学发展及药品监督管理等有关事项；

（八）承办理事会和常务理事会交办的其他工作。